Pierwsze praktyki whistleblowingu miały charakter whistleblowingu zewnętrznego, czyli publicznego nagłośnienia (za pomocą mediów) problemu w organizacji. Ze względu jednak na duże koszty: utrata zaufania przez organizację, koszty sądowe, angażowanie osób trzecich, obecnie preferuje się whistleblowing wewnętrzny, czyli rozwiązywanie problemów w ramach organizacji. Dlatego też powstają kanały przepływu informacji, które jednocześnie pozwalają na sygnalizowanie zachowań nieetycznych i skuteczne ich rozwiązywanie. Budowa odpowiednich struktur organizacyjnych jest podstawą sprawnego funkcjonowania whistleblowingu w organizacji. Każdy jej uczestnik wie, jak, gdzie i kiedy może bezpiecznie ujawnić informacje o działaniach nieetycznych. Najtrudniejszym etapem whistleblowingu jest przełamanie strachu stojąc przed dylematem: ujawnić informacje, czy je zataić.